Genomic diversity of British native oaks: species differentiation, hybridisation and triploidy
英国の 2 大在来種であるミズナラとコナラを対象とした大規模ゲノム解析により、両種の地理的分布と環境適応、種間交雑による遺伝子浸透、三倍体の存在、および染色体上の種分化領域の特定が明らかになり、さらに三倍体個体が環境要因を補正しても二倍体より成長が速いことが示されました。
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evolutionary biology
460 件の論文
Reconstructing 50 million years of Xenopus borealis evolution: three temporal strata of DNA rearrangements and persistent sex chromosome homomorphism
本論文は、細胞遺伝学とゲノムマッピングを用いて Xenopus borealis の 5000 万年にわたる進化を再構築し、全ゲノム重複後に 3 つの時間的層にわたってゲノム再編成が蓄積した一方で、性染色体は依然として相同性を維持していることを明らかにした。
Orthologous synteny provides robust structural evidence for the ancestral angiosperm ε-WGD
本論文は、ギンコと初期被子植物の間の明確な1:2の相同性および系統解析に基づき、最近の否定説を覆して被子植物の祖先におけるε-WGD（全ゲノム重複）の存在を構造的・系統学的に再確認し、被子植物の共有派生形質として確立した。
Shifts in demography in changing ecological conditions in a dependent-lineage population of harvester ant colonies
2011 年以降の深刻な干ばつが、赤ハリアリ（Pogonomyrmex barbatus）の依存系集団において、希少な J1 系統の減少を招き、形質選択よりも急速に人口動態を変化させていることが示されました。
Early life thermal plasticity and adaptive divergence among populations of Arctic charr (Salvelinus alpinus)
本論文は、共通環境下での実験を通じて、異なる起源と管理歴を持つ 4 つのニジマス（アークティックチャ）集団が温暖化条件下で生存率や孵化時期などにおいて適応的な分化を示すことを明らかにし、個体群の熱ストレスへの適応可能性は単なる生息環境の温度だけでなく、導入や人口変動などの集団の歴史的要因によっても形成されることを示唆しています。
Human settlement drives population divergence of Leishmania guyanensis at the sylvatic-anthropogenic interface
この論文は、アマゾンの都市化がレウシュマニア・ギヤネンシスの伝播サイクルを森林から人間環境へと適応させ、遺伝的に異なる新たな集団の出現を促したことを、集団ゲノム解析を通じて明らかにしたものである。
X-chromosomal diversity may, or may not, reflect climate
本研究は、X 染色体多様性と気候の関連性について、距離補正後の分析やデータセットの違いにより結果が一致しなかったため、その関連性は依然として不明瞭であると結論付けています。
Speciation history shapes patterns of assemblage species richness in birds
この論文は、鳥類の種分化が地理的隔離を伴うことが多く、同所的な種数の蓄積には数百万年という長い時間を要するため、現在の群集種多様性のパターンは、その種分化の歴史（特にクラードの年齢と規模）によって強く規定されていることを示しています。
Resolving the Taxonomic Status of the Marbled Toad (Bufonidae: Incilius marmoreus): 2RAD-based Phylogeography Including an Isolated Population in Veracruz, Mexico
本研究は、ゲノムワイドな SNP データと形態データを用いた多角的な解析により、メキシコ太平洋岸とベラクルス州に隔離分布するマルモレウスガエル（Incilius marmoreus）が単一の種であり、その遺伝的・形態的多様性は連続的な個体群間の遺伝子流動によって説明され、ベラクルス個体群の隔離は更新世後期の気候や植生変化に起因する可能性が高いことを明らかにしました。
Stabilizing selection on a polygenic trait from the gene's-eye view.
この論文は、遺伝的変異と選択の不一致に起因する形質平均のわずかな偏りが、個々の遺伝子レベルでは普遍的な選択圧として作用し、多遺伝子形質の平衡状態における遺伝的分散や形質変動などの巨視的性質を説明する拡散近似モデルを提示している。
Impaired non-shivering thermogenesis in the desert-dwelling antelope ground squirrel
本研究は、サハラ砂漠に生息するアフリカジリスの初ゲノム配列と寒冷曝露実験を組み合わせ、休眠性の近縁種とは対照的に、非震え性熱産生能力が低下し、代謝的に高コストな震え性熱産生へ依存する独自の熱調節戦略を進化させたことを明らかにした。
Selection mode governs the scaling of genetic load, diversity, and adaptation
この論文は、シミュレーションを用いて、個体群サイズや繁殖戦略が遺伝的負荷や多様性に与える影響が「絶対的選択（ハード選択）」と「相対的選択（ソフト選択）」のモードによって根本的に異なることを明らかにし、特にソフト選択が中立多様性と遺伝的負荷の解離をもたらすことで、レウオンチンのパラドックス（中立多様性と個体群サイズの弱い相関）のメカニズムを説明するものである。
Mapping protein neutral networks from predicted secondary structure
この論文は、予測された二次構造を表現型として用いることでインフルエンザヘマグルチニンの遺伝子型 - 表現型マップを構築し、RNA システムと比較してタンパク質の中立性が局所的には構造化されているものの、構造的な進化可能性が全体的に強く制約されていることを明らかにした。
Remote homology and functional genetics unmask deeply preserved Scm3/HJURP orthologs in metazoans
遠縁相同性検出、AlphaFold による構造モデル化、および機能遺伝学的手法を組み合わせることで、昆虫や線虫、脊椎動物など従来欠如していると考えられていた Scm3/HJURP 相同遺伝子が、急速な配列進化にもかかわらず保存された構造を有し、セントロメア機能に不可欠であることが明らかになりました。
The B-value calculator: expected diversity under background selection
この論文は、背景選択（BGS）による中立部位の多様性を解析的に推定するためのコマンドラインツール「Bvalcalc」を開発し、その有効性を検証するとともに、ヒト、ショウジョウバエ、シロイヌナズナにおける全ゲノム B マップを生成したことを報告しています。
NK cell receptor repertoires evolve under increased constraint butare not more diverse in menstruating mammals
本研究は、41 種のマムリアゲノムを解析した結果、月経を行う哺乳類において NK 細胞受容体ファミリー（KIR および KLR）の遺伝子多様性や repertoire の拡大・縮小は確認されず、むしろ月経を行う種で KIR 遺伝子ファミリーがより強い選択圧を受けたことを示し、月経の進化が受容体 repertoire の拡大に起因するという既存仮説を否定した。
Genetic purging of strongly deleterious mutations underlies black-necked crane's unusual escape from an extinction vortex
この論文は、1980 年代の急激な個体数減少後に黒ヅルの急速な回復が、有害な遺伝子変異の効率的な除去（遺伝的浄化）によって可能になったことをゲノム解析とシミュレーションで示し、絶滅の悪循環からの脱出には迅速な個体数回復が不可欠であることを明らかにしたものである。
Multivariate Coevolution Shapes Life-History Strategies Across Amniotes
本論文は、系統パス解析と多変量 Ornstein-Uhlenbeck モデルを統合した新たな比較手法を用いることで、哺乳類や鳥類の「速い・遅い」生活史軸において見かけ上類似する形質も実際には異なる進化速度と経路で共進化していることを明らかにし、多変量的な共進化の複雑さを初めて解明した。
STOCHASTIC ECO-EVOLUTIONARY DYNAMICS OF MULTIVARIATE TRAITS: A Framework for Modeling Population Processes Illustrated by the Study of Drifting G-Matrices
この論文は、測度値過程の理論に基づき生態・進化動態を統合的に記述する新しい枠組みを構築し、その応用を通じて遺伝的共分散行列（G 行列）の進化において、遺伝的浮動が単なる縮小ではなく、連鎖の蓄積を通じて遺伝的相関を極端化させ G 行列の方向性を劇的に変化させることを明らかにした。
Genetic variation in reproductive life-history traits is not correlated with estrogen-receptor positive breast cancer risk
この研究は、エストロゲン受容体陽性乳がんのリスクと生殖に関する生活史形質（初経年齢、初産年齢、出産数）の間のゲノム全体の遺伝的相関が統計的に有意ではないことを示し、特定の遺伝子座で見られるかもしれない生活史のトレードオフが、ゲノム全体としてこれらの形質と乳がんリスクの表現型の関連を形成しているわけではないことを示唆しています。